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kashiwa PCを使用してframe fileをみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい | kashiwa PCを使用してみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい |
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ちなみにframe fileのデータが欲しいだけなら、[[http://157.82.231.170/past_data_viewer/|Pastavi]]を使えば良い(宇宙線研のネットワークにつなぐ必要あり) |
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環境はほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる | 環境はdefaultでほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる |
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仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.vir~の部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い) | 仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.virtualenvs/new_envの部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い) |
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virtualenv -p python3.7 ~/.virtualenvs/new_env | virtualenv -p python3.6 ~/.virtualenvs/new_env |
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今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので~/.bashrcに | 今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので |
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alias nenv=source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate | echo "alias nenv='source ${HOME}/new_env/bin/activate' " >> ${HOME}/.bashrc |
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と書けば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる もしくは、~/.bash_profileや~/.bashrcに {{{ if [[ $- =~ i ]]; then source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate fi }}} と書くと、ログイン時に毎回仮想環境が立ち上がってくれる |
と打てば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる |
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pip install -U pip | pip install -U pip setuptools wheel |
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自身のpc上に作業用のディレクトリを適当に作る(mkdir以下は当然任意) {{{ mkdir ~/work }}} 作ったdirectoryにcodeを書く {{{ emacs ~/work/test.py . . . }}} 以下のshell scriptを作業用のdirectiryにおく(公開鍵の設定などは済ましていることを前提としている) {{{ ssh-add /Users/taiki/.ssh/id_rsa rsync -arp --stats -v --inplace $(cd $(dirname $0); pwd) m31-01:~/ ssh -t -t m31-01 <<EOC python ${shPath#*"$(cd ../$(dirname $0); pwd)"} exit EOC rsync -arp --stats -v --inplace m31-01:~/$(basename $(cd $(dirname $0); pwd))/ $(cd $(dirname $0); pwd) ssh-add -D /Users/taiki/.ssh/id_rsa }}} |
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柏PCの使い方
目的
kashiwa PCを使用してみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい
あと環境構築などで詰まったことの備忘録
ちなみにframe fileのデータが欲しいだけなら、Pastaviを使えば良い(宇宙線研のネットワークにつなぐ必要あり)
セットアップ
アカウント申請
田越、大原さんあたりの誰かに柏のkagra main systemの利用アカウントが欲しい旨を連絡する。
startup
主にアカウント発行の際にメールでもらえるguideに沿って行えば良い
一応、JGW docにも資料がある
frame fileを読んでみる(python)
環境はdefaultでほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる Lecture in Japanese
frame fileを読んで様々なplotを書くためのsample codeやcondor_jobを使ってjobを投げるためのshellなどが豊富にある Kozapy
kashiwa PCのdefault環境では満足できない方へ
virtualenv
matplotlibが古すぎてplotがダサくなる方やgwpyのerrorが自身のPCと異なり困る方など向け
おそらくkashiwaでpython環境構築に使うのが推奨されているのがvirtualenvである
kashiwa PCにログイン
ssh m31-01
仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.virtualenvs/new_envの部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い)
virtualenv -p python3.6 ~/.virtualenvs/new_env
仮想環境を有効にする
source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate
今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので
echo "alias nenv='source ${HOME}/new_env/bin/activate' " >> ${HOME}/.bashrc
と打てば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる 次に仮想環境を有効にした状態でpipを用いてlibraryをinstallする
pip install -U pip setuptools wheel pip install gwpy lalsuite
lalsuiteもinstallしないとframe fileが読めないので注意
gwpyをinstallする時に必要なものはほとんど一緒にinstallされると思うが、他に必要なlibraryがある場合は別途pip installを用いてinstallする
自身のPC上でprogram編集と結果閲覧を完結したい人向け
自身のpc上のeditorを愛している方や、ネットワークが弱くsshでm31-01にログインした状態で作業するのにストレスがある方向け
自身のpc上に作業用のディレクトリを適当に作る(mkdir以下は当然任意)
mkdir ~/work
作ったdirectoryにcodeを書く
emacs ~/work/test.py . . .
以下のshell scriptを作業用のdirectiryにおく(公開鍵の設定などは済ましていることを前提としている)
ssh-add /Users/taiki/.ssh/id_rsa rsync -arp --stats -v --inplace $(cd $(dirname $0); pwd) m31-01:~/ ssh -t -t m31-01 <<EOC python ${shPath#*"$(cd ../$(dirname $0); pwd)"} exit EOC rsync -arp --stats -v --inplace m31-01:~/$(basename $(cd $(dirname $0); pwd))/ $(cd $(dirname $0); pwd) ssh-add -D /Users/taiki/.ssh/id_rsa
詰まった問題
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