Conda (Miniforge / Mamba)

Conda とは？

Conda は、プログラミング言語ごとの壁を越えた「パッケージ管理システム」兼「仮想環境管理システム」です。

Python の標準的なツール（pip）は Python 製のライブラリしか管理できませんが、Conda は C/C++ や Fortran で書かれたライブラリ（数値計算ライブラリやコンパイラなど）も含めて一括管理できます。 重力波解析（GWpy, LALSuite, nds2-clientなど）では、Python 以外の言語で書かれたバイナリに依存するツールが多いため、IGWN（LIGO-Virgo-KAGRA）では Conda の使用が推奨されています。

主なメリット：

• 環境の分離: プロジェクトA（古い解析コード）とプロジェクトB（最新の解析コード）で異なるバージョンの Python やライブラリを使い分けることができます。

• バイナリの管理: gwpy や nds2-client のような複雑な依存関係を持つツールも、コンパイルエラーに悩まされることなくインストールできます。

An open source package management system and environment management system

Miniforge (GitHub)

Please install conda on your PC referring to the IGWN webpage.
https://computing.docs.ligo.org/conda/usage/#local

IGWN "Local usage"の和訳・要約 (2025-01 Update)

このセクションはローカルマシン、つまりラップトップやデスクトップワークステーションで conda 環境を構築するユーザ向けです。

以前は Anaconda や Mambaforge が使われていましたが、現在は Miniforge の使用が推奨されています。Miniforge をインストールすることで、高速なパッケージマネージャーである mamba も自動的に使えるようになります。

1. Miniforgeのインストール

• まず、GitHubのリリースページからお使いのOS (Linux, MacOS, Windows) に合ったインストーラーをダウンロードします。 https://github.com/conda-forge/miniforge#install 以下はLinux (x86_64) の場合のコマンド例です。MacOS (Apple Silicon) の場合などはファイル名が異なるので注意してください。

• コマンドラインでインストーラーをダウンロードする。

  • $ curl -L -O https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh

• インストーラーを実行する。

  • $ bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh
    
    Welcome to Miniforge3 24.x.x-x
    
    In order to continue the installation process, please review the license
    agreement.
    Please, press ENTER to continue
    >>>      (enterキーを押す)
    
    (中略)
    
    Do you accept the license terms? [yes|no]
    [no] >>>      (yesと回答する)
    
    (中略: インストール先はデフォルトのままで通常問題ありません)
    
    Do you wish the installer to initialize Miniforge3
    by running conda init? [yes|no]
    [no] >>>      (yesと回答する)
    
    (中略)
    
    ==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
    
    If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
       set the auto_activate_base parameter to false:
    
    conda config --set auto_activate_base false
    
    Thank you for installing Miniforge3!

2. 設定を確認する

• 正しくインストールされていたら、新しいターミナルウィンドウを開いた後、conda (または mamba) が正しく動作することを確認できるはずです。

  • $ conda info
    
         active environment : base
                shell level : 1
           user config file : /home/ユーザー名/.condarc
     populated config files : /home/ユーザー名/.condarc
              conda version : 24.x.x
        conda-build version : not installed
             python version : 3.10.x (または 3.11.x)
           virtual packages : __archspec=1=x86_64
                              __conda=24.x.x=0
                              __glibc=2.x=0
                              __linux=5.x=0
                              __unix=0=0
           base environment : /home/ユーザー名/miniforge3  (writable)
          conda av data dir : /home/ユーザー名/miniforge3/etc/conda
      conda av metadata url : None
               channel URLs : https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
                              https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
              package cache : /home/ユーザー名/miniforge3/pkgs
                              /home/ユーザー名/.conda/pkgs
           envs directories : /home/ユーザー名/miniforge3/envs
                              /home/ユーザー名/.conda/envs
                   platform : linux-64
                 user-agent : conda/24.x.x requests/2.x.x CPython/3.10.x ...
                    UID:GID : 1000:1000
                 netrc file : None
               offline mode : False

• conda-forgeチャンネルの確認
  • Miniforgeを使用している場合、デフォルトで conda-forge が最優先のチャンネルとして設定されているはずです（channel URLs の一番上が conda-forge になっていればOK）。 Anacondaを使用している場合のみ、以下の設定が必要です（Miniforgeなら不要です）：

    $ conda config --add channels conda-forge
    $ conda config --set channel_priority strict

解析用環境の作成

ベース環境 (base) に直接パッケージを入れるのではなく、解析用の仮想環境を作成することを強く推奨します。

• 仮想環境の作成と有効化 (例: python 3.11環境)

  • $ mamba create -n igwn-py311 python=3.11
    $ mamba activate igwn-py311
    (igwn-py311) $ mamba install gwpy python-nds2-client

    ※ conda コマンドの代わりに mamba を使うと、インストール速度が格段に速くなります。

condaの削除・クリーンアップ

• 環境一覧を表示

  • $ conda info -e
    # conda environments:
    #
    base                  * /home/ユーザー名/miniforge3
    igwn-py311               /home/ユーザー名/miniforge3/envs/igwn-py311

• いらない環境を削除

  • $ conda remove --name ENV_NAME --all

• 不要になったパッケージやキャッシュを削除 (ディスク容量の節約)

  • $ conda clean --all

• Miniforge (conda) 自身を削除
  • Miniforgeの場合は、ディレクトリごと削除し、.bashrc 等の記述を消すだけで完了です。

    $ rm -rf /home/ユーザー名/miniforge3

    その後、~/.bashrc (または ~/.zshrc, ~/.bash_profile) をエディタで開き、>>> conda initialize >>> から <<< conda initialize <<< までのブロックを削除してください。

他のパッケージ管理ツールとの比較・注意点

PythonにはConda以外にも多くの管理ツールがあります。それぞれの違いと、Conda環境内での併用ルールについてまとめます。

重要: Conda と pip を混ぜる際のマナー

Conda環境内でどうしても pip を使う必要がある場合（gwpy等はCondaにあるが、特定のマイナーなライブラリがPyPIにしかない場合など）は、以下の手順を厳守してください。

1. 仮想環境を作成する (conda create -n myenv python=3.11)

2. conda install (または mamba install) で、必要なパッケージを可能な限り全てインストールする。

3. どうしても Conda に無いパッケージのみ、最後に pip install する。

4. その後、同じ環境で conda install を追記しない。

   • (pipを使った後にcondaを使うと、依存関係の整合性が取れなくなり環境が壊れることがあります)