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柏PCの使い方 | KAGRA主データ保管装置の使い方 |
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kashiwa PCを使用してframe fileをみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい | 以下では簡単のため、このシステムを柏PCと呼びます kashiwa PCを使用してみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい |
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ちなみにframe fileのデータが欲しいだけなら、[[http://157.82.231.170/past_data_viewer/|Pastavi]]を使えば良い(宇宙線研のネットワークにつなぐ必要あり) |
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[[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=10201|Application for an account of KAGRA Main Storage System]] に従い申請する. == startup == 主にアカウント発行の際にメールでもらえるguideに沿って行えば良い 一応、[[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=10076|JGW doc]]にも資料がある |
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環境はほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる | 環境はdefaultでほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる |
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kashiwa PCにログイン |
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などでkashiwa PCにログイン 仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.vir~の部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い) |
仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.virtualenvs/new_envの部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い) |
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virtualenv -p python3.7 ~/.virtualenvs/new_env | virtualenv -p python3.6 ~/.virtualenvs/new_env |
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今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので~/.bashrcに | 今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので |
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alias nenv=source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate | echo "alias nenv='source ${HOME}/new_env/bin/activate' " >> ${HOME}/.bashrc |
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と書けば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる もしくは、~/.bash_profileや~/.bashrcに {{{ if [[ $- =~ i ]]; then source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate fi }}} と書くと、ログイン時に毎回仮想環境が立ち上がってくれる |
と打てば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる |
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pip install -U pip pip install gwpy lalsuite |
pip install -U pip setuptools wheel pip install gwpy==0.15.0 lalsuite |
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自身のpc上に作業用のディレクトリを適当に作る(mkdir以下は当然任意) {{{ mkdir ~/work }}} 作ったdirectoryにcodeを書く {{{ emacs ~/work/test.py . . . }}} 以下のshell scriptを作業用のdirectiryにおく {{{ exePath=$(pwd)/$2 exePath=~${exePath#*$(cd $(dirname $0); cd ../ ;pwd)} rsync -arp --inplace $(cd $(dirname $0); pwd) m31-01:~/ ssh -Y -t -t m31-01 <<EOC source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate $1 ${exePath} exit EOC rsync -arp --inplace m31-01:~/$(basename $(cd $(dirname $0); pwd))/ $(cd $(dirname $0); pwd) }}} 公開鍵の設定を済ましておけばかなりリモートで作業を行なってfileを持ち帰るという作業はスムーズになる |
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詰まった問題やこのページの通りやってもうまくいかないことを書き込む == gwpyを最新のものにするとframe fileがtimeseries.readで読めなくなる == 単一source fileなら読めるが複数source fileを読もうとするとerrorが出る {{{ 単一ファイル読み出し(ok) data = TimeSeries.read(['/data/full/12567/K-K1_C-1256700000-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700032-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700064-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700096-32.gwf'], c K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, start = 1256700000, end = 1256700100, format='gwf.lalframe') TimeSeries([ 2.24202135e-11, 2.24398064e-11, 2.24622275e-11, ..., -1.91058005e-11, -1.90862017e-11, -1.90661226e-11] unit: dimensionless, t0: 1256700000.0 s, dt: 6.103515625e-05 s, name: K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, channel: K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ) 複数ファイル読み出し(ng) data = TimeSeries.read(['/data/full/12567/K-K1_C-1256700000-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700032-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700064-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700096-32.gwf'], c K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, start = 1256700000, end = 1256700100, format='gwf.lalframe') RuntimeError: Failed to read /data/full/12470/K-K1_C-1247030016-32.gwf: Internal function call failed: I/O error }}} gwpy0.15.0だとこのエラーは起こらず、1.0.0だと起こる 今のところ1.0.0でこの問題を解決する方法が分からないので、pipでのinstallの際は {{{ pip install gwpy==0.15.0 }}} とすることを勧める。 === 追記 === TimeSeriesDict.read なら複数ファイルでも問題なく読めるので、1チャンネルだけのときもこちらを使うようにすれば問題ない。 == virtualenvで pyROOTを使う == 柏計算機ではデフォルトでROOT, pyROOTが使えるが、virtualenvで自分で構築した環境だとそのままではpyROOTがimportできない。 もちろん、pip install ROOT とかやっても無駄で、ROOTのpathを通す必要がある。 仮想環境を有効にするときに使う(new_env)/bin/activate を編集して、48行目あたりの {{{ export PATH }}} の下に {{{ export PYTHONPATH="/opt/root/lib:$PYTHONPATH" }}} を書き足してactivateしてみると、 {{{ ~$ python Python 3.4.9 (default, Aug 14 2018, 21:28:57) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import ROOT Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "/opt/root/lib/ROOT.py", line 103, in <module> import libPyROOT as _root ImportError: libCint.so: cannot open shared object file: No such file or directory >>> }}} と出てダメだが、libCint.soはちゃんとあるぞ {{{ ~$ ls /opt/root/lib/libCint* /opt/root/lib/libCint.so /opt/root/lib/libCintex.rootmap /opt/root/lib/libCintex.so }}} === 追記 === root fileの読み書きだけなら[[https://github.com/scikit-hep/uproot|uproot]]を使えばよい |
KAGRA主データ保管装置の使い方
目的
以下では簡単のため、このシステムを柏PCと呼びます
kashiwa PCを使用してみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい
あと環境構築などで詰まったことの備忘録
ちなみにframe fileのデータが欲しいだけなら、Pastaviを使えば良い(宇宙線研のネットワークにつなぐ必要あり)
セットアップ
アカウント申請
Application for an account of KAGRA Main Storage System に従い申請する.
startup
主にアカウント発行の際にメールでもらえるguideに沿って行えば良い
一応、JGW docにも資料がある
frame fileを読んでみる(python)
環境はdefaultでほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる Lecture in Japanese
frame fileを読んで様々なplotを書くためのsample codeやcondor_jobを使ってjobを投げるためのshellなどが豊富にある Kozapy
kashiwa PCのdefault環境では満足できない方へ
virtualenv
matplotlibが古すぎてplotがダサくなる方やgwpyのerrorが自身のPCと異なり困る方など向け
おそらくkashiwaでpython環境構築に使うのが推奨されているのがvirtualenvである
kashiwa PCにログイン
ssh m31-01
仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.virtualenvs/new_envの部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い)
virtualenv -p python3.6 ~/.virtualenvs/new_env
仮想環境を有効にする
source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate
今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので
echo "alias nenv='source ${HOME}/new_env/bin/activate' " >> ${HOME}/.bashrc
と打てば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる 次に仮想環境を有効にした状態でpipを用いてlibraryをinstallする
pip install -U pip setuptools wheel pip install gwpy==0.15.0 lalsuite
lalsuiteもinstallしないとframe fileが読めないので注意
gwpyをinstallする時に必要なものはほとんど一緒にinstallされると思うが、他に必要なlibraryがある場合は別途pip installを用いてinstallする
自身のPC上でprogram編集と結果閲覧を完結したい人向け
自身のpc上のeditorを愛している方や、ネットワークが弱くsshでm31-01にログインした状態で作業するのにストレスがある方向け
自身のpc上に作業用のディレクトリを適当に作る(mkdir以下は当然任意)
mkdir ~/work
作ったdirectoryにcodeを書く
emacs ~/work/test.py . . .
以下のshell scriptを作業用のdirectiryにおく
exePath=$(pwd)/$2 exePath=~${exePath#*$(cd $(dirname $0); cd ../ ;pwd)} rsync -arp --inplace $(cd $(dirname $0); pwd) m31-01:~/ ssh -Y -t -t m31-01 <<EOC source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate $1 ${exePath} exit EOC rsync -arp --inplace m31-01:~/$(basename $(cd $(dirname $0); pwd))/ $(cd $(dirname $0); pwd)
公開鍵の設定を済ましておけばかなりリモートで作業を行なってfileを持ち帰るという作業はスムーズになる
詰まった問題
詰まった問題やこのページの通りやってもうまくいかないことを書き込む
gwpyを最新のものにするとframe fileがtimeseries.readで読めなくなる
単一source fileなら読めるが複数source fileを読もうとするとerrorが出る
単一ファイル読み出し(ok) data = TimeSeries.read(['/data/full/12567/K-K1_C-1256700000-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700032-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700064-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700096-32.gwf'], c K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, start = 1256700000, end = 1256700100, format='gwf.lalframe') TimeSeries([ 2.24202135e-11, 2.24398064e-11, 2.24622275e-11, ..., -1.91058005e-11, -1.90862017e-11, -1.90661226e-11] unit: dimensionless, t0: 1256700000.0 s, dt: 6.103515625e-05 s, name: K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, channel: K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ) 複数ファイル読み出し(ng) data = TimeSeries.read(['/data/full/12567/K-K1_C-1256700000-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700032-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700064-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700096-32.gwf'], c K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, start = 1256700000, end = 1256700100, format='gwf.lalframe') RuntimeError: Failed to read /data/full/12470/K-K1_C-1247030016-32.gwf: Internal function call failed: I/O error
gwpy0.15.0だとこのエラーは起こらず、1.0.0だと起こる
今のところ1.0.0でこの問題を解決する方法が分からないので、pipでのinstallの際は
pip install gwpy==0.15.0
とすることを勧める。
追記
TimeSeriesDict.read なら複数ファイルでも問題なく読めるので、1チャンネルだけのときもこちらを使うようにすれば問題ない。
virtualenvで pyROOTを使う
柏計算機ではデフォルトでROOT, pyROOTが使えるが、virtualenvで自分で構築した環境だとそのままではpyROOTがimportできない。 もちろん、pip install ROOT とかやっても無駄で、ROOTのpathを通す必要がある。 仮想環境を有効にするときに使う(new_env)/bin/activate を編集して、48行目あたりの
export PATH
の下に
export PYTHONPATH="/opt/root/lib:$PYTHONPATH"
を書き足してactivateしてみると、
~$ python Python 3.4.9 (default, Aug 14 2018, 21:28:57) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import ROOT Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "/opt/root/lib/ROOT.py", line 103, in <module> import libPyROOT as _root ImportError: libCint.so: cannot open shared object file: No such file or directory >>>
と出てダメだが、libCint.soはちゃんとあるぞ
~$ ls /opt/root/lib/libCint* /opt/root/lib/libCint.so /opt/root/lib/libCintex.rootmap /opt/root/lib/libCintex.so
追記
root fileの読み書きだけならuprootを使えばよい