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| 柏PCの使い方 ~+<<TableOfContents(2)>>+~ = 目的 = kashiwa PCを使用してみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい あと環境構築などで詰まったことの備忘録 ちなみにframe fileのデータが欲しいだけなら、[[http://157.82.231.170/past_data_viewer/|Pastavi]]を使えば良い(宇宙線研のネットワークにつなぐ必要あり) = セットアップ = == アカウント申請 == 田越さん、大原さんあたりの誰かに柏のkagra main systemの利用アカウントが欲しい旨を連絡する。 == startup == 主にアカウント発行の際にメールでもらえるguideに沿って行えば良い 一応、[[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=10076|JGW doc]]にも資料がある == frame fileを読んでみる(python) == 環境はdefaultでほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる [[https://github.com/gw-pem/kagra-pem/issues/90|Lecture in Japanese ]] frame fileを読んで様々なplotを書くためのsample codeやcondor_jobを使ってjobを投げるためのshellなどが豊富にある [[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=10309|Kozapy]] = kashiwa PCのdefault環境では満足できない方へ = == virtualenv == matplotlibが古すぎてplotがダサくなる方やgwpyのerrorが自身のPCと異なり困る方など向け おそらくkashiwaでpython環境構築に使うのが推奨されているのがvirtualenvである kashiwa PCにログイン {{{ ssh m31-01 }}} 仮想環境の構築（python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.virtualenvs/new_envの部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い） {{{ virtualenv -p python3.6 ~/.virtualenvs/new_env }}} 仮想環境を有効にする {{{ source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate }}} 今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので {{{ echo "alias nenv='source ${HOME}/new_env/bin/activate' " >> ${HOME}/.bashrc }}} と打てば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる 次に仮想環境を有効にした状態でpipを用いてlibraryをinstallする {{{ pip install -U pip setuptools wheel pip install gwpy==0.15.0 lalsuite }}} lalsuiteもinstallしないとframe fileが読めないので注意 gwpyをinstallする時に必要なものはほとんど一緒にinstallされると思うが、他に必要なlibraryがある場合は別途pip installを用いてinstallする = 自身のPC上でprogram編集と結果閲覧を完結したい人向け = 自身のpc上のeditorを愛している方や、ネットワークが弱くsshでm31-01にログインした状態で作業するのにストレスがある方向け 自身のpc上に作業用のディレクトリを適当に作る（mkdir以下は当然任意） {{{ mkdir ~/work }}} 作ったdirectoryにcodeを書く {{{ emacs ~/work/test.py . . . }}} 以下のshell scriptを作業用のdirectiryにおく {{{ exePath=$(pwd)/$2 exePath=~${exePath#*$(cd $(dirname $0); cd ../ ;pwd)} rsync -arp --inplace $(cd $(dirname $0); pwd) m31-01:~/ ssh -Y -t -t m31-01 <<EOC source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate $1 ${exePath} exit EOC rsync -arp --inplace m31-01:~/$(basename $(cd $(dirname $0); pwd))/ $(cd $(dirname $0); pwd) }}} 公開鍵の設定を済ましておけばかなりリモートで作業を行なってfileを持ち帰るという作業はスムーズになる = 詰まった問題 = 詰まった問題やこのページの通りやってもうまくいかないことを書き込む == gwpyを最新のものにするとframe fileがtimeseries.readで読めなくなる == 単一source fileなら読めるが複数source fileを読もうとするとerrorが出る {{{ 単一ファイル読み出し(ok) data = TimeSeries.read(['/data/full/12567/K-K1_C-1256700000-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700032-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700064-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700096-32.gwf'], c K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, start = 1256700000, end = 1256700100, format='gwf.lalframe') TimeSeries([ 2.24202135e-11, 2.24398064e-11, 2.24622275e-11, ..., -1.91058005e-11, -1.90862017e-11, -1.90661226e-11] unit: dimensionless, t0: 1256700000.0 s, dt: 6.103515625e-05 s, name: K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, channel: K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ) 複数ファイル読み出し(ng) data = TimeSeries.read(['/data/full/12567/K-K1_C-1256700000-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700032-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700064-32.gwf', '/data/full/12567/K-K1_C-1256700096-32.gwf'], c K1:CAL-CS_PROC_C00_STRAIN_DBL_DQ, start = 1256700000, end = 1256700100, format='gwf.lalframe') RuntimeError: Failed to read /data/full/12470/K-K1_C-1247030016-32.gwf: Internal function call failed: I/O error }}} gwpy0.15.0だとこのエラーは起こらず、1.0.0だと起こる 今のところ1.0.0でこの問題を解決する方法が分からないので、pipでのinstallの際は {{{ pip install gwpy==0.15.0 }}} とすることを勧める == virtualenvで pyROOTを使う == 柏計算機ではデフォルトでROOT, pyROOTが使えるが、virtualenvで自分で構築した環境だとそのままでは ''ImportError: No module named 'ROOT' '' となりpyROOTがimportできない。 |
* アカウント申請: [[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=10201|JGW-M191020]] * スタートアップガイド: [[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=10076|JGW-M1910076]] * DMGマニュアル: [[https://dac.icrr.u-tokyo.ac.jp/KAGRA/DAWG/DMG/Manuals]] <- DAC wikiへ入る方法: [[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=11668|JGW-L2011668]] * 各データがどこにあるのか： [[https://gwdoc.icrr.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/private/DocDB/ShowDocument?docid=14561|JGW-G2214561]] |
アカウント申請: JGW-M191020
スタートアップガイド: JGW-M1910076
DMGマニュアル: https://dac.icrr.u-tokyo.ac.jp/KAGRA/DAWG/DMG/Manuals <- DAC wikiへ入る方法: JGW-L2011668
各データがどこにあるのか： JGW-G2214561