柏PCの使い方

目的

kashiwa PCを使用してみんなが快適に解析できるようにできるようにしたい

あと環境構築などで詰まったことの備忘録

ちなみにframe fileのデータが欲しいだけなら、Pastaviを使えば良い(宇宙線研のネットワークにつなぐ必要あり)

セットアップ

アカウント申請

田越、大原さんあたりの誰かに柏のkagra main systemの利用アカウントが欲しい旨を連絡する。

startup

主にアカウント発行の際にメールでもらえるguideに沿って行えば良い

一応、JGW docにも資料がある

frame fileを読んでみる(python)

環境はdefaultでほとんどできているはずなのでgwpyを使ってframe fileを読んでみる Lecture in Japanese

frame fileを読んで様々なplotを書くためのsample codeやcondor_jobを使ってjobを投げるためのshellなどが豊富にある Kozapy

kashiwa PCのdefault環境では満足できない方へ

virtualenv

matplotlibが古すぎてplotがダサくなる方やgwpyのerrorが自身のPCと異なり困る方など向け

おそらくkashiwaでpython環境構築に使うのが推奨されているのがvirtualenvである

kashiwa PCにログイン

ssh m31-01

仮想環境の構築(python3.7の部分は好みのversionで良い, 後ろの~/.virtualenvs/new_envの部分も好きなpathに好きな名前で置いても良い)

virtualenv -p python3.6 ~/.virtualenvs/new_env 

仮想環境を有効にする

source ~/.virtualenvs/new_env/bin/activate

今後、仮想環境を有効にする際は毎回これを打つ必要があり、面倒くさいので

echo "alias nenv='source ${HOME}/new_env/bin/activate' " >> ${HOME}/.bashrc

と打てば、nenvと打つだけで仮想環境を有効にできる 次に仮想環境を有効にした状態でpipを用いてlibraryをinstallする

pip install -U pip setuptools wheel
pip install gwpy lalsuite

lalsuiteもinstallしないとframe fileが読めないので注意

gwpyをinstallする時に必要なものはほとんど一緒にinstallされると思うが、他に必要なlibraryがある場合は別途pip installを用いてinstallする

自身のPC上でprogram編集と結果閲覧を完結したい人向け

自身のpc上のeditorを愛している方や、ネットワークが弱くsshでm31-01にログインした状態で作業するのにストレスがある方向け

自身のpc上に作業用のディレクトリを適当に作る(mkdir以下は当然任意)

mkdir ~/work

作ったdirectoryにcodeを書く

emacs ~/work/test.py
.
.
.

以下のshell scriptを作業用のdirectiryにおく(公開鍵の設定などは済ましていることを前提としている)

ssh-add /Users/taiki/.ssh/id_rsa
rsync -arp --stats -v --inplace  $(cd $(dirname $0); pwd) m31-01:~/
ssh -t -t m31-01 <<EOC
python ${shPath#*"$(cd ../$(dirname $0); pwd)"}
exit
EOC
rsync -arp --stats -v --inplace m31-01:~/$(basename $(cd $(dirname $0); pwd))/ $(cd $(dirname $0); pwd)
ssh-add -D /Users/taiki/.ssh/id_rsa

詰まった問題

詰まった問題やこのページの通りやってもうまくいかないことを書き込む