Pythonにおけるモジュール、パッケージ、ライブラリとは https://ai-inter1.com/python-module_package_library/

Condaによるpython環境構築

IGWN (the International Gravitational-Wave Observatory Network) Computing and Software で用意された環境(igwn-py39)を元にするのがよい。
使い方はJGW-G2113584を参照

igwn-py39 を元にした環境構築

https://computing.docs.ligo.org/conda/environments/igwn-py39/からlinux-64と書かれたものをダウンロードしてくる。 

wget https://computing.docs.ligo.org/conda/environments/linux/igwn-py39.yaml

ダウンロードしたレシピファイルを元に仮想環境を作る。→少し時間がかかる。
myenv の所は自分の好きな名前にしてよい 

conda env create -n myenv --file igwn-py39.yaml

この時、出てくる質問に y と答えると自分用のconda環境ができるらしい。出てこないで進む人もいる。 

done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate myenv
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

と表示されたらmyenv環境のできあがり。 

conda info -e

と打つと環境一覧が表示され、自分のホームの下に "".conda/envs/myenv"" というものが見えるはず。

仮想環境に入るには 

conda activate myenv

と打てばよい。

condaの使い方は以下などを参照 (ググれば腐るほど出てきます)

いちいち仮想環境に入るためにコマンドを打つのは面倒なので、以下を~/.bashrcもしくは~/bash_profileに書いておけば、ターミナル起動時に自動的myenvに入るように設定できる 

# User specific aliases and functions
source /disk/sw/conda/etc/profile.d/conda.sh
conda activate myenv

source以下は、実際のconda.shの絶対パス (人/PCによって異なるので、自力で探してください)

イチから環境構築

igwn-py39を元に作った環境にgeopandas(地図をplotしたり位置情報を含んだ表計算をするモジュール)を入れようとすると、パッケージの依存性のせいかうまくいかない。

自前で新しい環境を構築し、必要なパッケージを手で入れていけばこの問題は起こらない。とりあえず以下の手順でやれば最低限のパッケージは入る。(astropyとかはgwpyを入れると勝手に入る) 

conda create -n myenv python=3.9
conda activate myenv
conda install gds-root-extensions-base gds-root-extensions-crtools root_base uproot uproot-base uproot3 uproot3-methods
conda install geopandas gwpy lalsuite pycbc pyproj obspy geopy jupyter

パッケージ一覧を表示

conda list --export

または 

conda list --explicit

(表記が異なる。お好きな方を)

自分の環境を保存してバックアップ/別のPCで再現する

対象の環境名をmyenvとすると、 

conda activarte myenv
conda env export > myenv.yml

もしくは、対象のconda環境に入らずに書き出す場合は、 

conda env export  -n myenv > myenv.yml

よく使う(インストールしておくべき)ライブラリリスト

KAGRA/Subgroups/PEM/PythonMemoJP/Library (last edited 2023-11-17 15:05:39 by tatsuki.washimi)